Inti dari Far Cry 3 ini adalah "Seberapa Jauh Anda akan maju untuk menolong teman Anda?" Walaupun Anda memiliki sedikit pengaruh dalam jalur Jason, tetapi sangat menarik untuk mengikuti perjalanannya yang semakin kedalam lubang. Berbagai pembunuhan, obat - obat terlarang hingga transaksi ilegal yang terjadi, merubah motivasi dalam diri Jason, memperdalam perasaan terhadap orang - orang yang disayangi.

Seperti Assassin Creed, Anda dapat membuka seluruh peta, ketika menaiki Menara Radio, dan Anda dapat mengetahui suatu daerah dikuasai oleh para bajak laut atau teman dengan menyerang post musuh. Ketika Anda melakukannya, beberapa quest akan terbuka, seperti quest membunuh, memburu, perlombaan balap dan beberapa permintaan dari warga setempat seperti mencari sepasang anak atau mencari orang yang selamat di bangkai pesawat.

Kemajuan dari permainan terlihat dari Tattoo Mistik yang ada ditubuh Jason, dan ketika Anda naik level, akan memperoleh beberapa kelebihan, seperti HP yang lebih banyak dan sistem pertempuran baru, seperti melempar pisau atau mematahkan rantai. Semua ketrampilan ini akan dikuasai seiring permainan.

Selain cerita utama, Far Cry 3 menyiapkan permainan dimana terdapat empat pemain berkelompok yang terpisah melalui enam misi linier. Melalui setiap bagian adalah masalah kelangsungan hidup ketika gelombang musuh masuk, dan kadang-kadang Anda harus melindungi kendaraan atau rekan yang membawa bahan peledak yang berat.